UPDATED: Лечим проблему инсталляции gem sqlite3 на FreeBSD

Если у вас

Gem::Installer::ExtensionBuildError: ERROR: Failed to build gem native extension.

        /usr/local/rvm/rubies/ree-1.8.7-head/bin/ruby extconf.rb
checking for sqlite3.h... yes
checking for sqlite3_libversion_number() in -lsqlite3... no
sqlite3 is missing. Try 'port install sqlite3 +universal'
or 'yum install sqlite3-devel' and check your shared library search path (the
location where your sqlite3 shared library is located).
*** extconf.rb failed ***
Could not create Makefile due to some reason, probably lack of
necessary libraries and/or headers.  Check the mkmf.log file for more
details.  You may need configuration options.

Provided configuration options:
--with-opt-dir
--without-opt-dir
--with-opt-include
--without-opt-include=${opt-dir}/include
--with-opt-lib
--without-opt-lib=${opt-dir}/lib
--with-make-prog
--without-make-prog
--srcdir=.
--curdir
--ruby=/usr/local/rvm/rubies/ree-1.8.7-head/bin/ruby
--with-sqlite3-dir
--without-sqlite3-dir
--with-sqlite3-include=${sqlite3-dir}/include
--with-sqlite3-lib
--without-sqlite3-lib=${sqlite3-dir}/lib
--enable-local
--disable-local
--with-sqlite3lib
--without-sqlite3lib


то поможет простая команда

gem install sqlite3 -v '1.3.4' -- --with-sqlite3-dir=/usr/local

где -v '1.3.4' - нужная вам версия sqlite3

UPDATED: все оказалось значительно веселее, если мы хотим автоматизировать оное действие в capistrano.

Для этого необходимо в продакшн хосте в /etc/ssh/sshd_config добавить
PermitUserEnvironment yes

и перезапустить sshd

service sshd restart

что даст возможнось использовать файл ~/.ssh/environment при деплое, поскольку capistrano пользует non-interactive user и обычные переменные окружения не подгружаются, в этом можно убедиться запустив в cap:shell "printenv".

Так вот, после оных манипуляций можно добавлять строку в
~/.ssh/environment
CONFIGURE_ARGS="--with-sqlite3-dir=/usr/local"

и cap bundle:install уже не прервется на искомой ошибке (скорее всего  на какой-то другой ;).